Выбрать кассу для оплат из ЛК можно несколькоми способами:
1) Глобальная настройка "Касса для оплаты из ЛК"
2) Выставить кассу для оплаты из ЛК для фирмы (актуально для клиентов, у кого много фирм)
3) Касса склада принятия заказа, глобальная настройка: "При оплате исп. кассу из склада"